承擔可移動文物修復資質能力建設，負責文保方案編制、項目實施相關工作；承擔館藏文物的保護、科學研究等工作；承擔館內各級文物保護單位檔案管理工作；承擔磚石質文物保護國家文物局重點科研基地徐州工作站及相關教學科研基地建設工作，開展學術交流合作。

陳列展覽部：

負責陳列展覽的策劃、設計、制作及其相關工作；承擔陳列展覽相關領域學術研究；負責館內公益廣告宣傳及公共設施標志導覽系統的監制、布置和更新維護工作；負責陳列展覽檔案管理工作。

社會服務部：

擔免費開放、窗口服務、觀眾預約、講解接待等工作；承擔各類社會教育、研學旅游活動；承擔博物館志愿者招募及管理工作；承擔社群組織和館校共建工作；承擔觀眾滿意度調查工作，搜集并反饋觀眾意見和建議；承擔公益性文物鑒定咨詢服務工作。

信息傳媒部（文化創意部）：

承擔網絡運行、維護及網絡安全管理、網絡輿情監測等工作；承擔智慧博物館建設工作；承擔信息宣傳、社會推廣等工作；依法依規開展館藏資源著作權、商標權、品牌授權等工作；承擔文化旅游及文旅品牌推廣等相關工作。

科研部：

承擔科研工作規劃編制、統籌管理以及內部刊物的征稿、編輯、出版等工作；承擔處理學術委員會日常事務；協助做好各級各類科研項目、研究課題的申報、管理、獎勵等工作；承擔策劃組織出版各類學術專著、研究圖錄及舉辦各類學術活動等工作；承擔圖書、期刊、報紙的采購、征訂、編目、管理、借閱工作。

安全保衛部：

承擔制定安全保衛、消防安全管理制度，保障人員、文物和財產的安全工作；承擔范圍內社會治安綜合治理工作；承擔各類應急預案的擬訂和演練實施工作；承擔人員安全教育培訓及保安隊伍日常管理工作；承擔館內安（消）防、防雷設施設備日常維護、保養和檢測工作。

工程管理部：

承擔公共設備和基礎設施的日常運行、管理維護工作；協助做好基礎工程建設項目的調研、規劃、預決算及施工質量的組織、管理與驗收工作；協助做好重大項目招標采購相關管理工作。

漢畫像石藝術館管理部：

承擔漢畫像石藝術館日常工作的組織、協調和管理；承擔講解和游客接待服務以及安全保衛、衛生保潔和環境整治工作；承擔漢畫像石藝術館文物、設施設備安全、維護等工作；承擔漢畫像石藝術館學術研究工作。

書畫藝術館管理部：

承擔尉天池書法館、趙緒成藝術館、李可染藝術中心等各類名人藝術館日常工作的組織協調及藏品、設施設備安全、維護等工作；承擔講解和游客接待服務以及安全保衛、衛生保潔和環境整治工作。